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余方友，上海市肺科医院检验科主任，教授/主任技师，博士研究生/博士学位，博士研究生导师。先后主持课题21项，其中国家自然科学基金面上项目8项，国家重大科技专项子课题1项，国家重点研发计划子任务负责人1项，省部级课题4项；科研可用经费超过400万元。以通讯作者（含共同通讯或第一作者）累计发表学术论文203余篇，其中SCI收录135篇，影响因子（发表当年）＞10分23篇，被引用总次数5992。获中华医学科技奖一等奖和浙江省科学技术奖一等奖各1次。撰写专家共识或团标20部，其中牵头撰写4部。主编或者参编专业著作16部。
研究领域主要探索临床高危耐药株的传播与致病规律。聚焦WHO优先推荐关注的金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌和结核分枝杆菌三个多重耐药菌展开系列研究。1）从2004年开始系统阐明我国金葡菌近二十年间的分子流行特征，阐明人畜共患MRSA的分子流行特点和传播轨迹。2）阐述了高传播效率耐药质粒在临床暴发流行的规，阐释了肺炎克雷伯菌耐药质粒的免疫逃逸机制，还阐明了高毒力高耐药优势克隆菌规律传播的模式。通过进一步研究识别出多个调控毒力的新靶点与代谢途径，为降低高危菌株的致病性提供了潜在干预策略。3）开发多项分枝杆菌精准检测技术平台，显著提升了临床对结核感染的诊断效率和精度。其中，我们团队开发的靶向测序检测平台，转化为临床试剂盒，成为感染NGS领域首个进入国家“创新医疗器械特别审查程序”的项目，并获WHO推荐用于临床检测。我们牵头制定了结核病实验诊断规范化流程，实现了从技术创新到临床标准的有效闭环。在技术推广的基础上，我们牵头制定了多项结核及病原菌感染的实验诊断共识与指南，推动了临床检测的标准化与规范化。团队拥有博士生导师1名，硕士生导师5名。因公留学在加拿大学习者1名，在美国学习者2人，在瑞士学习者1人。团队累计获得27项国家级课题，包括国家科技重大专项1项，国家重点研发计划项目2项，国自然面上7项，国自然青年17项。获得上海市东方英才青年2人、上海市晨光计划1人、上海市科技启明星 1人、上海市浦江人才 2人、上海市科技扬帆 3人、上海市医苑新星 2人（其中1人获评优秀结业人员）、上海市公卫优青 1人。团队近三年累计发表SCI论文40余篇。
国家自然科学基金项目7项：
1.国家自然科学基金面上项目 亚抑菌浓度的夫西地酸通过SaeRS降低金黄色葡萄球菌毒力的机制研究 在研
2.国家自然科学基金面上项目 GtrA家族蛋白为增强金黄色葡萄球菌毒力的重要转录调节因子的研究 在研
3.国家自然科学基金面上项目 MraZ 通过影响毒力相关基因的表达增强金黄色葡萄球菌毒力的研究 结题
4.国家自然科学基金面上项目 金黄色葡萄球菌CapB2在致病中的作用及表达调控机制研究 结题
5.国家自然科学基金面上项目 表皮葡萄球菌表面锚定蛋白SesI在致病中的作用 结题
6.国家自然科学基金面上项目 SaeRS对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌临床分离株杀白细胞素基因的表达调控机制研究 结题
7.国家自然科学基金面上项目 耐甲氧西金黄色葡萄球菌临床分离株Panton-Valentine杀白细胞素基因表达调控机制研究 结题
上海市科委项目1项：
1.基于靶向测序技术的分枝杆菌菌种鉴定方法学研究 在研
1. Characterization difference of typical KL1,KL2 and ST11-KL64 hypervirulent and carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae. Drug Resistance Updates. 2023,67 IF:22.841
2. Phylogenetic analysis and virulence characteristics of methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST764-SCCmec II: an emerging hypervirulent clone ST764-t1084 in China. Emerging Microbes & Infections.2023,12 IF：19.568
3. Identification of methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST8 isolates in China with potential high virulence.Emerging Microbes & Infections. 2022,11 IF：19.568
4. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus in China a multicenter longitudinal study and whole-genome sequencing.Emerging Microbes & Infections.2022,11 IF：19.568
5. Outbreak of IncX8 Plasmid–Mediated KPC-3–Producing Enterobacterales Infection, China. Emerging Infectious Diseases.2022,28:7 IF：16.126
6. Exploiting a conjugative endogenous CRISPR-Cas3 system to tackle multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae.eBioMedicine.2023,88 IF：12.074
7. Prediction of Mycobacterium tuberculosis drug resistance by nucleotide MALDI-TOF-MS. Intertional Journal of Infectious Disease. 2022，121 IF：12.074
8. Staphylococcus aureusPhenotypic and genomic analysis of the hypervirulent ST22 methicillin-resistant in China. mSystems. 2023 IF：7.328
9. Phylogenetic Analysis and Virulence Characteristics of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus ST45 in China: a Hyper-Virulent Clone Associated with Bloodstream Infections. mSystems. 2023 27;8(2) IF：7.328
10. Efficacy of the Xpert Mycobacterium tuberculosis/rifampicin assay for diagnosing sputum-smear negative or sputum-scarce pulmonary tuberculosis in bronchoalveolar lavage fluid. Intertional Journal of Infectious Disease. 2021,107 IF：12.074
11. Molecular Evolution and Adaptation of Livestock-Associated Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (LA-MRSA) Sequence Type 9. mSystems.IF:6.4962021, 6:3,e00492-21
12. Use of whole-genome sequencing to predict Mycobacterium tuberculosis drug resistance in Shanghai, China. International Journal of Infectious Diseases. 2020,96 IF：12.074
13. Assessment of the Xpert MTB/RIF Ultra assay on rapid diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. International Journal of Infectious Diseases.2019,81 IF：12.074
14. Subinhibitory Concentrations of Mupirocin Stimulate Staphylococcus aureus Biofilm Formation by Upregulating cidA. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2019，64 IF：4.904
15. Molecular Evolution and Adaptation of Livestock-Associated Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (LA-MRSA) Sequence Type 9. mSystems. 2021, 6:3,e00492-21 IF：7.328
16. Subinhibitory Concentrations of Resveratrol Reduce Alpha-Hemolysin Production in Staphylococcus aureus Isolates by Downregulating saeRS. Emerging Microbes & Infections. 2018,7 IF：19.568
17. Multiplex PCRAnalysis for Rapid Detection of Klebsiella pneumoniae Carbapenem-Resistant(Sequence Type 258[ST258] and ST11) and Hypervirulent(ST23, ST65, ST86, and ST375)S trains. Journal of Clinical Microbiology. 2018,56 IF：4.054
18. In Vitro activity of ceftazidime-avibactam against carbapenem-resistant and hypervirulent Klebsiella pneumoniae isolates. Antimicrobial Agents and Chemotherapy.2018,62 IF：4.255
19. Evaluation of the VITEK MS knowledge base version 3.0 for the identification of clinically relevant Mycobacterium species. Emerging Microbes & Infections.2018,7 IF：19.568
20. Coidentification of mcr-4.3 and blaNDM-1 in a Clinical Enterobacter cloacae Isolate from China. Antimicrobiol Agents and Chemotherapy. 2018,62 IF：4.256
21. Determination of MIC Distribution and Mechanisms of Dreased Susceptibility to Bedaquiline among Clinical Isolates of Mycobacterium abscessus. Antimicrobiol Agents and Chemotherapy. 2018，62 IF： 4.256
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