1. 多能干细胞（iPSC/ESC）向NK细胞、T细胞等免疫细胞分化，以及肿瘤免疫细胞疗法的开发。

2. iPSC/ESC向抑制性神经元分化，以及癫痫、亨廷顿病等细胞疗法的开发。

3. 阿尔茨海默病（AD）大脑类器官模型的构建、发病机制的研究和治疗方法的开发。

1. 1.Chen X*, Sun G*, Feng L, Tian E, Shi Y. Human iPSC-derived microglial cells protect neurons from neurodegeneration in long-term cultured adhesion brain organoids. Commun Biol. 2025 Jan 9;8(1):30.

   2.Chen X*, Shi Y. Generating Homogeneous Brain Organoids from Human iPSCs. Methods Mol Biol. 2024;2794:157-167. 

   3.X Chen, G Sun, E Tian, M Zhang, H Davtyan, TG Beach, EM Reiman, M Blurton-Jones, D Holtzman, Y Shi. Modeling sporadic Alzheimer’s disease in human brain organoids. Adv Sci (Weinh). 8, e2101462 (2021). 

   4.G Sun*, F Chiuppesi*, X Chen*, C Wang, E Tian, J Nguyen, M Kha, D Trinh, H Zhang, MC Marchetto, H Song, G Ming, FH Gage, DJ Diamond, F Wussow, Y Shi. Modeling human cytomegalovirus-induced microcephaly in human iPSC-derived brain organoids. Cell Rep Med. 1, 100002 (2020). 

   5.X Chen, Q Yang, Z Liu, Y Shi. Chapter 2 - Human induced pluripotent stem cell–based modeling of Alzheimer’s disease, a glial perspective. Editor(s): Alexander Birbrair. In Advances in Stem Cell Biology, iPSCs for Modeling Central Nervous System Disorders, Academic Press, Volume 6, 2021, Pages 21-35. 

   6.X Chen, Y Zhu, Z Wang, H Zhu, Q Pan, S Su, Y Dong, L Li, H Zhang, L Wu, X Lou, S Liu. mTORC1 alters the expression of glycolytic genes by regulating KPNA2 abundances. Journal of Proteomics 136: 13-24 (2016). 

   7.X Chen, D Guo, Y Zhu, F Xian, S Liu, L Wu, X Lou. Nuclear Phosphoproteomics Analysis Revealed that CDK1/2 were Involved in EGF-Regulated Constitutive Pre-mRNA Splicing in MDA-MB-468 Cells. Journal of Proteomics 141:77-84 (2016).

   8.Qin Y*, Cui Q*, Sun G, Chao J, Wang C, Chen X, Ye P, Zhou T, Jeyachandran AV, Sun O, Liu W, Yao S, Palmer C, Liu X, Arumugaswami V, Chan WC, Wang X, Shi Y. Developing enhanced immunotherapy using NKG2A knockout human pluripotent stem cell-derived NK cells. Cell Rep. 2024 Nov 26;43(11):114867.

   9.Liu Z*, Chao J, Wang C, Sun G, Roeth D, Liu W, Chen X, Li L, Tian E, Feng L, Davtyan H, Blurton-Jones M, Kalkum M, Shi Y. Astrocytic response mediated by the CLU risk allele inhibits OPC proliferation and myelination in a human iPSC model. Cell Rep. 2023 Aug 29;42(8):112841.

   10.Chao J*, Feng L*, Ye P, Chen X, Cui Q, Sun G, Zhou T, Tian E, Li W, Hu W, Riggs AD, Matalon R, Shi Y. Therapeutic development for Canavan disease using patient iPSCs introduced with the wild-type ASPA gene. iScience. 2022 May 11;25(6):104391.

   11.Wang C*, Zhang M*, Garcia G Jr, Tian E, Cui Q, Chen X, Sun G, Wang J, Arumugaswami V, Shi Y. ApoE-Isoform-Dependent SARS-CoV-2 Neurotropism and Cellular Response. Cell Stem Cell. 2021 Feb 4;28(2):331-342.e5.

   12.Q Cui*, K Yin*, X Zhang*, P Ye, X Chen, et al. Targeting PUS7 suppresses tRNA pseudouridylation and glioblastoma tumorigenesis. Nature Cancer 1-18 (2021).

   13.L Feng*, J Chao*, E Tian*, L Li*, P Ye, M Zhang, X Chen, et al. Cell‐Based Therapy for Canavan Disease Using Human iPSC‐Derived NPCs and OPCs. Adv Sci (Weinh). 7 (23), 2002155 (2020).

   14.Y Zhu*, X He*, Y Lin, H Dong, L Zhang, X Chen, et al. Targeting PRMT1-mediated FLT3 methylation disrupts maintenance of MLL-rearranged acute lymphoblastic leukemia. Blood 134 (15), 1257-1268 (2019).

   15.L Li*, E Tian*, X Chen, J Chao, J Klein, Q Qu, G Sun, G Sun, Y Huang, CD Warden, P Ye, L Feng, X Li, Q Cui, A Sultan, P Douvaras, V Fossati, NE Sanjana, AD Riggs, Y Shi. GFAP mutations in astrocytes impair oligodendrocyte progenitor proliferation and myelination in an hiPSC model of Alexander disease. Cell stem cell 23 (2), 239-251. e6 (2018). 

   16.Pan Q, Lou X, Zhang J, Zhu Y, Li F, Shan Q, Chen X, Xie Y, Su S, Wei H, Lin L, Wu L, Liu S. Genomic variants in mouse model induced by azoxymethane and dextran sodium sulfate improperly mimic human colorectal cancer. Sci Rep. 2017 Dec;7(1):25.

   17.Su S, Zhu X, Lin L, Chen X, Wang Y, Zi J, Dong Y, Xie Y, Zhu Y, Zhang J, Zhu J, Xu D, Xu N, Lou X, Liu S. Lowering Endogenous Cathepsin D Abundance Results in Reactive Oxygen Species Accumulation and Cell Senescence. Mol Cell Proteomics. 2017 Jul;16(7):1217-1232. 

   18.Y Zhu*, X Chen, Q Pan, Y Wang, S Su, C Jiang, Y Li, N Xu, L Wu, X Lou, and S Liu. A Comprehensive Proteomics Analysis Reveals a Secretory Path, Cell Type and Status-Dependent Signature of Exosomes Released from Tumor Associated Macrophages. Journal of Proteome Research 14 (10): 4319-4331 (2015). 

   19.Wang Z, Zhang J, Wang Y, Xing R, Yi C, Zhu H, Chen X, Guo J, Guo W, Li W, Wu L, Lu Y, Liu S. Matrine, a novel autophagy inhibitor, blocks trafficking and the proteolytic activation of lysosomal proteases. Carcinogenesis. 2013 Jan;34(1):128-38.