徐祖信院士团队承担了国家科技部、住建部、生态环境部、上海市科委等部门关于城市水环境治理和海绵城市技术方面的研究内容，包括长江流域城市水环境治理提质增效关键技术研究与示范（国家重点研发项目）、城市排水系统溢流污染削减及径流调控技术研究（国家水专项），巢湖市城市水环境质量改善研究与综合示范（国家水专项），马鞍山中心城区水环境提升与多元污泥综合利用技术开发（马鞍山市政府）等，对城市黑臭水体、重污染水体治理、排水系统提质增效、城市溢流污染调控、农村生活污水处理等方面有长期、系统的成果积累和丰富的经验。2022年3月18日，徐祖信院士被海南省治水工作领导小组办公室聘请为“六水共治”技术总师，其团队受聘为“六水共治”技术咨询和支持团队，为海南治水工作提供智力支撑。

1. 环境保护部，住房和城乡建设部，国家水体污染控制与治理科技重大专项，2008ZX07317-001，高截污率城市雨污水管网建设、改造和运行调控关键技术研究与工程示范，2008/09-2010/12，已结题

2. 住房和城乡建设部，2013ZX07304002，国家水体污染控制与治理科技重大专项，城市排水系统溢流污染削减及径流调控技术研究，2013/01-2016/06，已结题

3. 住房和城乡建设部，国家水体污染控制与治理科技重大专项，2014ZX07303003，巢湖市城市水环境质量改善研究与综合示范，2014/01-2016/12，已结题

4. 中国环境科学研究院，部委科技项目，2018CJA030301-016，马鞍山市驻点跟踪研究工作方案，2018/12-2019/04，已结题

5. 国家长江生态环境保护修复联合研究中心，部委科技项目，2019-LHYJ-01-0212-14，马鞍山市长江生态环境保护技术与方案研究，2019/07-2020/06，已结题

6. 中国工程院，重大咨询研究项目，2019-ZD-33，长江流域上下游、干支流、左右岸系统保护与高效治理的精准施策，2019/12-2020/12，已结题

7. 中国工程院，重点咨询研究项目，19-HN-XZ-02，海南乡村卫生环境治理与示范研究，2019/10-2020/09，已结题

8. 中国工程院，重大咨询研究项目，20-HN-ZD-01，海南省农村生活污水资源化和生态化处理处置战略研究，2020/09-2021/09，已结题

9. 上海市科学技术委员会，软科学研究计划项目，20692113900，上海城市供水系统应对重大疫情环境次生风险评估与监控对策研究，2020/12-2021/11，已结题

10. 中国工程院，咨询研究项目，2021-SH-XY-2，土地匮乏型大城市多源污泥资源化处置战略研究，2021/08-2022/07，已结题

11. 马鞍山市住房和城乡建设局，马鞍山中心城区水环境提升与多元污泥综合利用技术开发、海绵城市咨询服务项目，2021/12-2022/12，已结题

1. 环境保护部，住房和城乡建设部，国家水体污染控制与治理科技重大专项，2008ZX07317-001，高截污率城市雨污水管网建设、改造和运行调控关键技术研究与工程示范，2008/09-2010/12，已结题

2. 住房和城乡建设部，2013ZX07304002，国家水体污染控制与治理科技重大专项，城市排水系统溢流污染削减及径流调控技术研究，2013/01-2016/06，已结题

3. 住房和城乡建设部，国家水体污染控制与治理科技重大专项，2014ZX07303003，巢湖市城市水环境质量改善研究与综合示范，2014/01-2016/12，已结题

4. 中国环境科学研究院，部委科技项目，2018CJA030301-016，马鞍山市驻点跟踪研究工作方案，2018/12-2019/04，已结题

5. 国家长江生态环境保护修复联合研究中心，部委科技项目，2019-LHYJ-01-0212-14，马鞍山市长江生态环境保护技术与方案研究，2019/07-2020/06，已结题

6. 中国工程院，重大咨询研究项目，2019-ZD-33，长江流域上下游、干支流、左右岸系统保护与高效治理的精准施策，2019/12-2020/12，已结题

7. 中国工程院，重点咨询研究项目，19-HN-XZ-02，海南乡村卫生环境治理与示范研究，2019/10-2020/09，已结题

8. 中国工程院，重大咨询研究项目，20-HN-ZD-01，海南省农村生活污水资源化和生态化处理处置战略研究，2020/09-2021/09，已结题

9. 上海市科学技术委员会，软科学研究计划项目，20692113900，上海城市供水系统应对重大疫情环境次生风险评估与监控对策研究，2020/12-2021/11，已结题

10. 中国工程院，咨询研究项目，2021-SH-XY-2，土地匮乏型大城市多源污泥资源化处置战略研究，2021/08-2022/07，已结题

11. 马鞍山市住房和城乡建设局，马鞍山中心城区水环境提升与多元污泥综合利用技术开发、海绵城市咨询服务项目，2021/12-2022/12，已结题

(1) Xu Zuxin; Xu Jin; Yin Hailong; Jin Wei; Li Huaizheng; He Zhen ; Urban river pollution control in developing countries, Nature Sustainability, 2019, 2(3): 158-160

(2) Xu Zuxin; Xu Jin ; Establishing an assessment index system for sewage treatment works in China, Engineering, 2022

(3) Wang Mei; Xu Zuxin; Huang Yangrui; Dong Bin ; Static magnetic field enhances Cladosporium sp. XM01 growth and fungal Mn(II) oxidation, Journal of Hazardous Materials, 2022, 437:129332

(4) Wang Mei; Xu Zuxin; Dong Bin; Zeng Yifan; Chen Sisi; Zhang Yunhui; Huang Yangrui; Pei Xiangjun ; An efficient manganese-oxidizing fungus Cladosporium halotolerans strain XM01: Mn(II) oxidization and Cd adsorption behavior, Chemosphere, 2022, 287: 132026

(5) Xu Zuxin; Jin Wei; Xu Jin; Yin Hailong; Li Huaizheng; Zhang Chen; Wu Jun; Xiong Lijun; Wang Dingbao; Hua Weiyun; Thomas Chiramba; Hezekiah Pireh Otieno; Isabel Shirin Enyonam Wetzel; Gladys Huchu; Josphine Karimi Maina; Joel Balagizi Asipingwe ; Making cities sustainable through rehabilitating polluted urban rivers: Lessons from China and other developing countries, United Nations Human Settlements Programme, 2019