课题组成员

教师：唐凯临

博后：高健、尹作静

A  抗体/疫苗方向：

全合成 mRNA 恶性肿瘤治疗性疫苗的设计与构建及转化研究（国家重点研发）

基于生物信息学的抗原抗体分子识别与系统模拟（科技部973）

抗体结构功能的生物信息学研究（科技部973）

突发传染病中和抗体分子的快速计算设计研究（自然基金面上）

甲型H3N2流感病毒抗原蛋白HA抗原性漂移的生物信息学研究（自然基金面上）

IgG抗体成熟模式的生物信息学研究（自然基金面上）

B  中医药组学方向：

中药复方配伍理论的计算模拟与系统分析（国家重点研发）

中国重大疾病与罕见病临床与生命组学数据库（国家重点研发）

基于转化医学的艾滋病、病毒性肝炎、结核的中医证候生物学研究（传染病重大专项）

病毒性肝炎证候生物学基础研究平台的建立（传染病重大专项）

中药作用机理的生物信息学分析策略与相应系统构建（科技部863）

人肝脏蛋白质组生物信息学研究：蛋白相互作用（科技部863）

蛋白质－蛋白质相互作用研究(科技部973)

人肝蛋白组学蛋白－蛋白相互作用数据库与生物信息学研究(科技部攻关计划)

获吴文俊人工智能自然科学奖三等奖（2017），上海市自然科学奖二等奖（2008）等奖项；获专利授权7项。

部分已发表论文：

1. Qiu T#, Zhang L#, Chen Z#, Wang Y, Mao T, Wang C, Cun Y, Zheng G, Yan D, Zhou M, Tang K*, Cao Z*. SEPPA-mAb: spatial epitope prediction of protein antigens for mAbs. Nucleic Acids Res. 2023 May 22:gkad427.

2. Deyu Yan#, Genhui Zheng#,Caicui Wang, Zikun Chen, Tiantian Mao, Jian Gao, Yu Yan, Xiangyi Chen, Xuejie Ji, Jinyu Yu, Saifeng Mo, Haonan Wen, Wenhao Han, Mengdi Zhou, Yuan Wang, Jun Wang, Kailin Tang*,Zhiwei Cao*, HIT 2.0: an enhanced platform for Herbal Ingredients' Targets, Nucl. Acids Res.2022 Jan 7;50(D1):D1238-D1243.

3. Tang, KaiLin, Ji, XueJie; Zhou, MengDi; Deng, ZeLiang; Huang, YuWei; Zheng, GenHui; Cao, Zhiwei* Rank-in: Enabling integrative analysis across microarray and RNA-seq for cancer Nucleic Acids Res. 2021 2021 Sep 27;49(17):e99.

4. Yiyan Yang#, Chuanlun Zhang#*, Timothy M. Lenton,, Xinmiao Yan, Maoyan Zhu ,Mengdi Zhou,Jianchang Tao,Tommy J. Phelps, Zhiwei Cao* The evolution pathway of ammonia-oxidizing archaea shaped by major geological events.Molecular Biology & Evolution, 2021 May 16;doi: 10.1093/molbev/msab129.

5. Zhou Chen#; Chen Zikun#; Zhang Lu; Yan DeYu; Mao Tian; Tang Kailin; Qiu Tianyi*;Cao Zhiwei*, SEPPA 3.0-enhanced spatial epitope prediction enabling glycoprotein antigens.Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W388-W394.

6. Qiu Tianyi# ; Yang Yiyan# ; Qiu Jingxuan ; Huang Yang; Xu Tianlei; Xiao Han; Wu Dingfeng; Zhang Qingchen; Zhou Chen; Zhang Xiaoyan; Tang Kailin;Xu Jianqing*;Cao Zhiwei*, CE-BLAST: Making it possible to compute antigenic similarity for newly emerging pathogens,Nature Communications，2018 May 2;9(1):1772.

7. Sun Y, Sheng Z, Ma C, Tang K, Zhu R, Wu Z, Shen R, Feng J, Wu D, Huang D, Huang D, Fei J*, Liu Q*, Cao ZW*，Combining genomic and network characteristics for extended capability in predicting synergistic drugs for cancer, Nature Communications, 2015, Sep 28;6:8481.

8. Hao Ye, Li Ye,Hong Kang,Duanfeng Zhang,Lin Tao,Kailin Tang, Xueping Liu,Ruixin Zhu,Qi Liu, Y. Z. Chen, Yixue Li* andZhiwei Cao*, HIT: linking herbal active ingredients to targets,Nucl. Acids Res. 2011 Jan;39:D1055-9.

9. Qi Tao#, Qiu T#, Zhang Q, Tang K, Fan Y, Qiu J, Wu D, Zhang W, Chen Y, Gao J, Zhu R*, Cao ZW*. SEPPA 2.0--more refined server to predict spatial epitope considering species of immune host and subcellular localization of protein antigen. Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42:W59-63.

10. Sun J, Wu D, Xu T, Wang X, Xu X, Tao L, Li YX*,Cao ZW*. SEPPA: a computational server for spatial epitope prediction of protein antigens.Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37:W612-6. Epub 2009 May 22.