本课题组对口腔扁平苔藓的发病机制方面进行了深入探索，在该领域中处于较领先的水平。先后获得三个国家自然科学基金项目资助，相关论文曾获Oral Diseases杂志2017年度最佳论著奖。采用宏基因组学方法研究OLP患者颊黏膜菌落结构特征，结果发现OLP颊黏膜表面菌群落结构与健康状态相比发生显著性改变。通过生物信息学成功将细菌的识别度精确至种水平，发现产黑普氏菌在OLP颊黏膜表面构成比显著增加，而唾液链球菌则显著减少。进一步通过荧光原位杂交实验发现产黑普氏菌可侵入OLP病损组织内，而正常黏膜组织中未发现该菌。对于唾液链球菌在OLP中的潜在保护作用，课题组通过唾液链球菌与HSC-3细胞共培养研究提示其可能通过抑制NF-κB炎症通路维持了局部免疫平衡，并且通过临床随机对照试验发现，唾液链球菌K12含片治疗OLP能有效改善充血糜烂体征、缓解疼痛，治疗后病损黏膜局部的唾液链球菌定植增加，提示唾液链球菌K12含片作为一种新型的治疗策略，尤其在OLP的长期用药与疗效维持方面可能具有重要临床意义。这些研究结果深入揭示了OLP发病新机理，为研发益生菌治疗这一新型治疗策略提供理论依据和实验基础。

1、口腔黏膜病损修复用对称核苷生物医用材料研究,国家重点研发计划(SQ2022YFC2400066), 2022.9.1-2025.8.31

2、三叉神经-口腔黏膜反射弧维持口腔菌群平衡及上皮屏障功能在口腔扁平苔藓炎症反应中的作用及机制研究 （82370970），国家自然科学基金，2024.01.01 -2027.12.31， 47万

3、TRPV1介导神经-上皮细胞互作在口腔扁平苔藓免疫炎性反应中的作用及机制研究（82170961），国家自然科学基金，2022.1.1-2025.12.31

4、产黑普氏菌通过TLR4引发局部免疫失衡促进口腔扁平苔藓发病的作用和机制研究（81870764），国家自然科学基金，2019.1.1-2020.12.31

5、口腔扁平苔藓患者外周血炎性细胞因子与颊黏膜表面微生物群落变化的相关性研究（81000438），国家自然科学基金青年基金，2011.1-2013.12

6、口腔共生菌在口腔扁平苔藓中的作用和治疗干预的机理研究，上海市科委医学引导项目，2014.8-2017.9

1、  Yiting Guo, Wenhao Han, Yuan He.Prevotella melaninogenica disrupted oral epithelial barrier function via myosinlight chain kinase. Oral Dis. 2024 May 8. doi: 10.1111/odi.14980.

2、  Pingyi Zhu, Ruru Shao, Pan Xu, RuowenZhao, Chen Zhao, Jian Fei, Yuan He. Streptococcus salivarius ameliorates thedestructive effect on the epithelial barrier by inhibiting the growth ofPrevotella melaninogenica via metabolic acid production. Mol Oral Microbiol.2024 Apr 30. doi: 10.1111/omi.12464.

3、  Pan Xu, Ru-Ru Shao, and Yuan He.Bibliometric analysis of recent research on the association between TRPV1 andinflammation. CHANNELS, 2023, 17(1): 2189038  https://doi.org/10.1080/19336950.2023.2189038

4、张诗, 徐盼, 郭艺婷,  邵如如,赵若闻,何园.唾液链球菌对小鼠口腔黏膜慢性炎症的治疗作用.口腔医学研究.2023 , 39(1):62-67

5、  郭艺婷 , 韩文豪 , 徐盼 , 邵如如 , 何园. 原代人口腔角质细胞在产黑普氏菌作用后的转录组分析. 口腔疾病防治. 2022, 30(9): 620-629 

6、  Zhao R, Han W, Tang K, Shao R,Zhu P, Zhang S, Xu P, He Y. Function of normal oral mucosa revealed bysingle-cell RNA sequencing. J Cell Biochem. 2022;123(9):1481-1494. 

7、  Pan Xu, Ru-Ru Shao, Shi Zhang,Zheng-Wu Tan, Yi-Ting Guo , Yuan He. The mechanism on Prevotella melaninogenicapromoting the inflammatory progression of oral lichen planus. Clin Exp Immunol.2022,19;209(2):215-224.

8、   Sai-Wei Zheng , Pan Xu , Li-TingCai，Zheng-Wu Tan , Yi-Ting Guo , Rui-Xin Zhu* , Yuan He*. The presence of P.melaninogenica within tissue and preliminary study on its role in thepathogenesis of oral lichen planus. OralDis. 2022;28(6):1580-1590.

6、  谭正午, 徐 盼, 郭艺婷, 何 园. 产黑普氏菌破坏上皮屏障紧密连接在口腔扁平苔藓发病机制中的作用. 同济大学学报(医学版),2021,42(04):459-466.

7、 Cong Shi#, Liting Cai#, Zhe Xun, Saiwei Zheng,Fangyang Shao, Bingjie Wang, Ruixin Zhu*, Yuan He*. Metagenomic analysis of thesalivary microbiota in patients with caries, periodontitis and comorbiddiseases. Journal of Dental Sciences, 2021, 16, 1264-1273

8、Yuting Li, Fangyang Shao, Saiwei Zheng, ZhengwuTan, Yuan He*. Alteration of Streptococcus Salivarius in Buccal Mucosa of OralLichen Planus and Controlled Clinical Trial in OLP Treatment. ProbioticsAntimicrob Proteins. 2020，12(4), 1340-1348. 

9、Wang Bj#, Chi Kp#, Shen Rl, Zheng Sw, Guo Y, LiJf, Fei J*, He Y*. TGFBI PromotesTumor Growth and is Associated with Poor Prognosis in Oral Squamous CellCarcinoma. J Cancer 2019; 10(20):4902-4912.

10、Li Y, Wang B, Zheng S, He Y*. Photodynamic therapy in the treatment of oral leukoplakia:a systematic review. Photodiagnosis Photodyn Ther. 2019,25:17–22.

11、郑赛巍,周杨一帆,蔡丽婷,李玉婷,何园*.共生菌与口腔扁平苔藓的相关性研究.同济大学学报(医学版),2019,40(04):425-430

12、郑赛巍,杨学,谭正午,李玉婷,马聪聪,何园*.联合白芍总苷胶囊治疗口腔扁平苔藓疗效的Meta分析及系统评价.口腔医学,2019,39(06):523-529

13、汪丙杰，郑赛巍，马聪聪，史 聪，李玉婷,何园*. CRISPR ／ Cas9 构建 TGFBI 稳定敲除HSC-3 细胞系. 同济大学学报（医学版），2018,39（2）：26-31

14、史 聪，蔡丽婷，邵方洋，郑赛巍，汪丙杰，何 园*. 上海地区汉族健康成年人唾液微生物菌群结构分析. 同济大学学报（医学版），2018,39（4）：29-34

15、He Y#, Gong D#, Shi C, Shao F,Shi J, Fei J. Dysbiosis of oral buccal mucosa microbiota in patients with orallichen planus. Oral Dis. 2017,23(5):674-682