针对非结核分枝杆菌（NTM）的“基石药物”克拉霉素耐药难以及早发现和针对性治疗的困境，开展系列研究并取得成果：

(1)原创建立GenSeizer等分枝杆菌早诊新技术，将NTM鉴定时间大幅缩短（J Clin Microbiol. 2021），鉴定菌株的同时能够确认克拉霉素耐药基因；并在2024年完成IIT研究（FKLY20009），持续推进临床研究和转化；

(2)开展克拉霉素耐药的挽救治疗，包括有效药物和新化合物的筛选，体内外验证（Antimicrob Agents Chemother. 2024、2022、2021、2020、2018； Int J Antimicrob Agents. 2023）；开展国内首个针对克拉霉素耐药治疗的多中心临床研究（Antimicrob Agents Chemother. 2018），发现携带耐药基因加用挽救药物的精准治疗方案可提升疗效；

(3)针对已知机制无法解释的临床分离的克拉霉素耐药菌株，开展系列研究阐明全新耐药机制：MAB_2355c的核糖体保护机制（Antimicrob Agents Chemother.2021、2018；Infect Drug Resist. 2020），开发了新治疗靶点。

上述成果以第一及通讯作者发表SCI论文30篇，近3年发表在I区杂志AAC、JCM、JID等JCR I区杂志共13篇，中科院I区7篇，并被国家指南“非结核分枝杆菌病诊断与治疗指南(2020年版)”、Science、Nature Microbiology等期刊引用，研究获英国胸科学会(BTS)NTM指南委员会主席Prof. R. Andres Floto、美国纽约州卫生部Pallavi Ghosh教授等引用和正面评价，获得美国微生物协会官方杂志Antimicrob Agents Chemother Editor’s Pick，在ECCMID、ASM及IDSA等国际国内会议交流并获奖。

依托上述研究，申请者团队带动了多家单位开展临床前研究，先后获得上海医学科技奖等荣誉，并参与NTM诊疗指南及专家共识的的制定，改写了国内指南，持续引领和推动NTM临床诊疗实践的优化和提升。

团队依托的上海市肺科医院呼吸与危重症医学科，为国家临床重点专科、国家呼吸与危重症医学科(PCCM)专科规范化建设三级医院示范单位、上海市重中之重临床重点学科，上海市临床重点专科、全国首批呼吸危重症专培基地，上海市首批呼吸专培基地、同济大学呼吸病研究所所长单位。2021年度中国医院科技量值（呼吸病学）排行榜全国第五，复旦版中国医院排行榜-呼吸科声誉排行榜获提名。团队致力于非结核分枝杆菌（NTM）肺部感染的研究，尤其以NTM肺病诊疗和NTM耐药机制的研究为特色，目前有教授3人，博导3人；临床医师8人；在读研究生11人，每年新招录研究生≥3人，在研课题经费1000余万元。

1)       国家自然科学基金面上项目：MAB_2355c抑制DNA错配修复驱动脓肿分枝杆菌对克拉霉素耐药的机制研究，编号82270005，时间：2023.01-2026.12，经费：53万，在研，主持

2)       国家自然科学基金青年项目：转录因子RV0678通过调控转运蛋白MmpS3/MmpL3表达介导脓肿分枝杆菌对克拉霉素耐药的机制，编号81800003，时间：2019.01-2021.12，经费：21万，结题，主持

3)       上海市2021年度“科技创新行动计划”医学创新研究专项项目，基于大数据生成的新基因序列组合模型联合多重PCR靶向测序技术在分枝杆菌肺部感染诊断中的应用研究，编号21Y11900700，时间：2021.10.1-2024.09.30，经费：30万，在研，主持

4)       上海市科委自然科学基金项目：主要易化子超家族转运耐药基因CLA-EP导致脓肿分枝杆菌对克拉霉素耐药的机制研究，编号2018ZR1431600，时间：2018.01-2020.12，经费：20万元，结题，主持

5)       上海市卫计委青年项目：Vitek MS系统在鉴定脓肿分枝杆菌亚种中的应用，编号20164Y0230，时间：2017.1.1-2019.12.31, 经费：2万元，结题，主持

6)       中央高校学科交叉类项目：PM2.5诱发呼吸系统疾病机制探索及其对医疗支出影响分析，编号1511219024，时间：2015.7.1-2016.12.31, 经费：20万元，结题，主持

1.    上海市卫健委卓越项目：含康替唑胺片治疗方案在脓肿分枝杆菌肺部感染成人患者中的安全性和有效性的随机开放平行对照临床研究，编号20244Z0017，时间：2024.01-2026.12，经费：30万，在研

2.    国家自然科学基金面上项目：MAB_2355c抑制DNA错配修复驱动脓肿分枝杆菌对克拉霉素耐药的机制研究，编号82270005，时间：2023.01-2026.12，经费：53万，在研

3.    国家自然科学基金青年项目：转录因子RV0678通过调控转运蛋白MmpS3/MmpL3表达介导脓肿分枝杆菌对克拉霉素耐药的机制，编号81800003，时间：2019.01-2021.12，经费：21万，结题

4.    上海市2021年度“科技创新行动计划”医学创新研究专项项目，基于大数据生成的新基因序列组合模型联合多重PCR靶向测序技术在分枝杆菌肺部感染诊断中的应用研究，编号21Y11900700，时间：2021.10.1-2024.09.30，经费：30万，在研

5.    上海市科委自然科学基金项目：主要易化子超家族转运耐药基因CLA-EP导致脓肿分枝杆菌对克拉霉素耐药的机制研究，编号2018ZR1431600，时间：2018.01-2020.12，经费：20万元，结题

6.    上海市卫计委青年项目：Vitek MS系统在鉴定脓肿分枝杆菌亚种中的应用，编号20164Y0230，时间：2017.1.1-2019.12.31, 经费：2万元，结题

7.    中央高校学科交叉类项目：PM2.5诱发呼吸系统疾病机制探索及其对医疗支出影响分析，编号1511219024，时间：2015.7.1-2016.12.31, 经费：20万元，结题

1.      NTM相关JCR I区SCI论文（时间倒序，#第一/共一作者，*通讯/共通讯作者）

①   Fan J#, Tan Z#, He S#, Li A, Jia Y, Li J, Zhang Z*, Li B*, Chu H*. TBAJ-587, a novel diarylquinoline, is active against Mycobacteriumabscessus. Antimicrob Agents Chemother. 2024 Oct 29:e0094524. doi:10.1128/aac.00945-24. Epub ahead of print. PMID: 39470202. (IF 4.1)

②   Fan J#, Jia Y#, He S, Tan Z, Li A, Li J, Zhang Z, Li B*, Chu H*. GlnR Activated Transcription of NitrogenMetabolic Pathway Genes Facilitates Biofilm Formation by Mycobacteriumabscessus. Int J Antimicrob Agents. 2023 Nov 3:107025. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2023.107025.Epub 2023 Nov 4. PMID: 37926271. (IF 4.9)

③  Li B#, He S#, Tan Z#, Li A, Fan J, Zhao L, Zhang Z, Chu H*. Impaired ESX-3Induces Bedaquiline Persistence in Mycobacterium abscessus Growing UnderIron-limited Conditions. Small Methods. 2023 Jun 8:e2300183. doi:10.1002/smtd.202300183. Epub 2023 Jun 8. PMID: 37291735. (IF 10.7)

④  Wu W#, He S#, Li A#, Guo Q, Tan Z, LiuS, Wang X, Zhang Z, Li B*, Chu H*. A Novel Leucyl-tRNA SynthetaseInhibitor, MRX-6038, Expresses Anti-Mycobacterium abscessus Activity In Vitroand In Vivo. Antimicrob Agents Chemother. 2022 Sep 20;66(9):e0060122. doi:10.1128/aac.00601-22. Epub 2022 Aug 15. PMID: 35969055; PMCID: PMC9487484. (IF 4.1)

⑤  Li B#, Zhang Y#, Guo Q#, He S,Fan J, Xu L, Zhang Z, Wu W*, Chu H*. Antibacterial peptide RP557 increases theantibiotic sensitivity of Mycobacterium abscessus by inhibiting biofilmformation. Sci Total Environ. 2022 Feb 10;807(Pt 3):151855. doi: 10.1016/j.scitotenv.2021.151855.Epub 2021 Nov 20. PMID: 34813807. (IF 8.2)

⑥  Guo Q#, Xu L#, Tan F, Zhang Y, Fan J,Wang X, Zhang Z, Li B*, Chu H*. A Novel Oxazolidinone, Contezolid(MRX-I), Expresses Anti-Mycobacterium abscessus Activity In Vitro. AntimicrobAgents Chemother. 2021 Oct 18;65(11):e0088921. doi: 10.1128/AAC.00889-21. Epub2021 Aug 30. PMID: 34460305; PMCID: PMC8522767. (IF 4.1)

⑦  Guo Q, Zhang Y, Fan J, Zhang H, ZhangZ, Li B*, Chu H*. MAB_2355c Confers Macrolide Resistance inMycobacterium abscessus by Ribosome Protection. Antimicrob Agents Chemother.2021 Jul 16;65(8):e0033021. doi: 10.1128/AAC.00330-21. Epub 2021 Jul 16. PMID:34097497; PMCID: PMC8373217. (IF 4.1)

⑧  Li B#, Xu L#, Guo Q, Chen J,Zhang Y, Huang W, Zhang Z, Han L, Xu X*, Chu H*. GenSeizer: a MultiplexPCR-Based Targeted Gene Sequencing Platform for Rapid and AccurateIdentification of Major Mycobacterium Species. J Clin Microbiol. 2021 Jan21;59(2):e00584-20. doi: 10.1128/JCM.00584-20. PMID: 33177124; PMCID:PMC8111139. (IF 6.1)

⑨  Zhang S#, Zou Y#, Guo Q, Chen J, Xu L,Wan X, Zhang Z, Li B*, Chu H*. AR-12 Exhibits Direct and Host-TargetedAntibacterial Activity toward Mycobacterium abscessus. Antimicrob AgentsChemother. 2020 Jul 22;64(8):e00236-20. doi: 10.1128/AAC.00236-20. PMID:32482678; PMCID: PMC7526805. (IF 4.1)

⑩   Li B#, Ye M#, Zhao L, Guo Q, Chen J, Xu B,Zhan M, Zhang Y, Zhang Z, Chu H*. Glycopeptidolipid Genotype Correlates Withthe Severity of Mycobacterium abscessus Lung Disease. J Infect Dis. 2020 Mar16;221(Suppl 2):S257-S262. doi: 10.1093/infdis/jiz475. PMID: 32176786. (IF 5.0)

⑪   Li B#, Ye M#, Guo Q#, Zhang Z, Yang S, Ma W,Yu F*, Chu H*. Determination of MIC Distribution and Mechanisms of DecreasedSusceptibility to Bedaquiline among Clinical Isolates of Mycobacteriumabscessus. Antimicrob Agents Chemother. 2018 Jun 26;62(7):e00175-18. doi:10.1128/AAC.00175-18. PMID: 29712658; PMCID: PMC6021634. (IF 4.1)

⑫   Li B#, Yang S#, ChuH*, Zhang Z*, Liu W, Luo L, Ma W, Xu X. Relationship between AntibioticSusceptibility and Genotype in Mycobacterium abscessus Clinical Isolates. FrontMicrobiol. 2017 Sep 14;8:1739. doi: 10.3389/fmicb.2017.01739. PMID: 28959242;PMCID: PMC5603792. (IF 4.0)

⑬   LuoL#, Liu W#, Li B#, Li M, Huang D,Jing L, Chen H, Yang J, Yue J, Wang F, Chu H*, Zhang Z*. Evaluation ofMatrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometryfor Identification of Mycobacterium abscessus Subspecies According toWhole-Genome Sequencing. J Clin Microbiol. 2016 Dec;54(12):2982-2989. doi:10.1128/JCM.01151-16. Epub 2016 Sep 28. PMID: 27682129; PMCID: PMC5121389. (IF 6.1)

2.      真菌相关SCI论文（时间倒叙，#第一/共一作者，*通讯/共通讯作者）

①   ZhengQ#, Xiao S#, Ji L#, Bing J#, Li B*,Han L*, Chu H*, Huang G*. First case of fungemia caused by a rare andpan-echinocandin resistant yeast Sporopachydermia lactativora in China.Mycology. 2024:1-5. doi: 10.1080/21501203.2024.2418111. (IF 4.6)

3.      其他SCI论文（时间倒叙，#第一/共一作者，*通讯/共通讯作者）

①  LiA, He S, Li J, Zhang Z, Li B*, Chu H*. Omadacycline, Eravacycline, andTigecycline Express Anti-Mycobacterium abscessus Activity In Vitro. MicrobiolSpectr. 2023 May 4:e0071823. doi: 10.1128/spectrum.00718-23. Epub ahead ofprint. PMID: 37140428. (IF 3.7)

②  He S#, Guo Q#, Zhao L#, Xu L, Fan J, Wu W, Zhang Z, Li B*, Chu H*.Sitafloxacin Expresses Potent Anti-Mycobacterium abscessus Activity. FrontMicrobiol. 2022 Jan 6;12:779531. doi: 10.3389/fmicb.2021.779531. PMID:35069482; PMCID: PMC8770805. (IF 4.0)

③  HeS#, Zou Y#, Zhan M#, Guo Q, Zhang Y, Zhang Z, Li B, Zhang S*, Chu H*. Zinc ChelatorN,N,N',N'-Tetrakis(2-Pyridylmethyl)Ethylenediamine Reduces the Resistance ofMycobacterium abscessus to Imipenem. Infect Drug Resist. 2020 Aug18;13:2883-2890. doi: 10.2147/IDR.S267552. PMID: 32903882; PMCID: PMC7445496. (IF 2.9)

④  GuoQ, Chen J, Zhang S, Zou Y, Zhang Y, Huang D, Zhang Z, Li B*, Chu H*.Efflux Pumps Contribute to Intrinsic Clarithromycin Resistance in Clinical,Mycobacterium abscessus Isolates. Infect Drug Resist. 2020 Feb 12;13:447-454.doi: 10.2147/IDR.S239850. PMID: 32104016; PMCID: PMC7024787. (IF 2.9)

⑤  Li B#,Guo Q#, Mao Y#, Zou Y, Zhang Y, Zhang Z*, Chu H*. Genetic Evolution ofMycobacterium abscessus Conferring Clarithromycin Resistance during Long-TermAntibiotic Therapy. Can Respir J. 2020 Mar 28;2020:7623828. doi:10.1155/2020/7623828. PMID: 32300380; PMCID: PMC7142343. (IF 2.1)

⑥  Chen J#, Zhao L#, Mao Y#, Ye M, Guo Q, Zhang Y, Xu L, ZhangZ, Li B*, Chu H*. Clinical Efficacy and Adverse Effects of AntibioticsUsed to Treat Mycobacterium abscessus Pulmonary Disease. Front Microbiol. 2019Aug 23;10:1977. doi: 10.3389/fmicb.2019.01977. PMID: 31507579; PMCID:PMC6716072. (IF 4.0)

⑦   Wu M#, Li B#, GuoQ, Xu L, Zou Y, Zhang Y, Zhan M, Xu B, Ye M, Yu F, Zhang Z*, Chu H*. Detectionand molecular characterisation of amikacin-resistant Mycobacterium abscessusisolated from patients with pulmonary disease. J Glob Antimicrob Resist. 2019Dec;19:188-191. doi: 10.1016/j.jgar.2019.05.016. Epub 2019 May 20. PMID:31121335. (IF 3.7)

⑧   Liu W#, Li B#, ChuH*, Zhang Z*, Luo L#, Ma W, Yang S, Guo Q. Rapid detection of mutations inerm(41) and rrl associated with clarithromycin resistance in Mycobacteriumabscessus complex by denaturing gradient gel electrophoresis. J MicrobiolMethods. 2017 Dec;143:87-93. doi: 10.1016/j.mimet.2017.10.010. Epub 2017 Oct24. PMID: 29079298.(IF 1.7)

4.      中文论文

①    李冰, 郭琦, 褚海青* . 奈诺沙星对脓肿分枝杆菌体外抗菌活性的评价. 中华结核和呼吸杂志, 2021, 44(11): 19-24.

发明专利：

1.  褚海青；叶美萍；李冰；徐晓刚；江建平；郭琦；张哲民，一种基因序列组合物及其在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用，授权时间：2020-6-5，专利号：ZL 201811505582.3；

学术奖励：

1.    李冰(2/9); 非结核分枝杆菌感染诊疗新策略的开发, 上海市医学会, 上海医学科技奖三等奖, 2022 (褚海青; 李冰; 张哲民; 郭琦; 余方友; 顾瑾; 张亚楠; 赵兰; 徐丽云)