我们课题组主要基于Illumina和nanopore测序技术，开发和利用先进的组学手段，解析早期胚胎发育过程中细胞命运决定的分子机制，具体为： 

1.    筛选决定细胞命运的先驱转录因子、并鉴定其分子机制

2.    探索该过程中表观修饰的变化规律、以及各类修饰的内在联系

3.    挖掘转录因子变异、表观修饰异常在各类疾病发生中作用机理

1. Yue X.#, Xie Z.#, Li M., Wang K., Li X., Zhang X., Yan J., Yin. Y. Simultaneous profiling of histone modifications and DNA methylation via nanopore sequencing. Nat Commun 13, 7939 (2022). 

该研究中，基于第三代nanopore测序技术，我们开发了一种在单分子水平同时检测DNA甲基化和组蛋白修饰的nanoHiMe-seq方法，用于系统性探索DNA甲基化和各类组蛋白修饰之间的内在联系。

2. Yin, Y., Morgunova, E., Jolma, A., Kaasinen, E., Sahu, B., Khund-Sayeed, S., Das, P.K., Kivioja, T., Dave, K., Zhong, F., et al. (2017). Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors. Science 356（高被引论文）

该研究中，基于Illumina测序技术，我们开发了一种鉴定表观修饰对转录因子识别DNA序列影响的methyl-sensitive SELEX方法，发现参与胚胎早期发育的转录因子更倾向于结合甲基化的DNA，颠覆了以往认为DNA甲基化抑制基因表达的传统观点。

3. Jolma, A., Yin, Y., Nitta, K.R., Dave, K., Popov, A., Taipale, M., Enge, M., Kivioja, T., Morgunova, E., and Taipale, J. (2015). DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their binding specificity. Nature 527, 384-388    

该研究中，我们开发了鉴定转录因子间协同作用的CAP-SELEX技术，发现转录因子间的协同作用主要是由DNA，而非蛋白-蛋白相互作用介导的。

4. Morgunova, E., Yin, Y., Jolma, A., Dave, K., Schmierer, B., Popov, A., Eremina, N., Nilsson, L., and Taipale, J. (2015). Structural insights into the DNA-binding specificity of E2F family transcription factors. Nature communications 6, 10050

5. Morgunova, E., Yin, Y., Das, P.K., Jolma, A., Zhu, F., Popov, A., Xu, Y., Nilsson, L., and Taipale, J. (2018). Two distinct DNA sequences recognized by transcription factors represent enthalpy and entropy optima. eLife

6. Lambert, S.A., Jolma, A., Campitelli, L.F., Das, P.K., Yin, Y., Albu, M., Chen, X., Taipale, J., Hughes, T.R., and Weirauch, M.T. (2018). The Human Transcription Factors. Cell 172, 650-665（高被引论文）

关于转录因子的经典综述，自2018年发表以来，被引2300余次。

7. Zhu, F., Farnung, L., Kaasinen, E., Sahu, B., Yin, Y., Wei, B., Dodonova, S.O., Nitta, K.R., Morgunova, E., Taipale, M., et al. (2018). The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome. Nature 562, 76-81

该研究利用NCAP-SELEX技术，系统性鉴定了具有结合核小体能力的先驱转录因子。