生命科学与技术学院-曹志伟导师介绍
曹志伟
教授
博士生导师
女
生命科学与技术学院
生物学
,生物与医药
生物信息学,计算生物学,创新药物智能设计,计算机辅助疫苗设计
zwcao@tongji.edu.cn
博士招生专业
1
生物学（博士）
2024
专业学位博士
生物信息学
本科毕业于南开大学，硕士毕业于南京大学，博士毕业于新加坡国立大学。上海浦江人才、曙光学者，教育部新世纪优秀人才。先后任职上海生物信息技术研究中心与同济大学生命科学与技术学院，创建同济生物信息系。任中华中医药学会中医药信息分会副主委，世中联中药系统科学与工程专委会副会长，上海中西医结合学会系统医学专业委员会副主任、上海生物信息学会理事等，2020-至今兼任 journal of cellular Biochemistry 副主编。担任科技部2021-2025 科技部“BT-IT融合”重点专项指南编制专家、实施方案论证专家，2021-2035国家中长期科技发展规划生物信息子领域执笔人。
研究聚焦于抗体设计与多组分协同用药的计算模型，建立了抗原表位预测-免疫交叉反应计算-抗体虚拟筛选平台，并在国际上率先建立了“复方-中药-成分-代谢-靶点”数据资源共享平台，研发了分子靶点发现与多成分协同药效预测模型，实现了中药作用机制自动解析。主持国家重点研发计划、精准医学、973、863、传染病重大专项和自然科学基金以及上海市项目十余项；发表Nature，Nature Communications, Nucleic acids research, Molecular Biology & Evolution 等SCI文章120多篇。
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科研项目
A 抗体/疫苗方向：
全合成 mRNA 恶性肿瘤治疗性疫苗的设计与构建及转化研究（国家重点研发）
基于生物信息学的抗原抗体分子识别与系统模拟（科技部973）
抗体结构功能的生物信息学研究（科技部973）
突发传染病中和抗体分子的快速计算设计研究（自然基金面上）
甲型H3N2流感病毒抗原蛋白HA抗原性漂移的生物信息学研究（自然基金面上）
IgG抗体成熟模式的生物信息学研究（自然基金面上）
B 中医药组学方向：
中药复方配伍理论的计算模拟与系统分析（国家重点研发）
中国重大疾病与罕见病临床与生命组学数据库（国家重点研发）
基于转化医学的艾滋病、病毒性肝炎、结核的中医证候生物学研究（传染病重大专项）
病毒性肝炎证候生物学基础研究平台的建立（传染病重大专项）
中药作用机理的生物信息学分析策略与相应系统构建（科技部863）
人肝脏蛋白质组生物信息学研究：蛋白相互作用（科技部863）
蛋白质－蛋白质相互作用研究(科技部973)
人肝蛋白组学蛋白－蛋白相互作用数据库与生物信息学研究(科技部攻关计划)
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研究成果
获吴文俊人工智能自然科学奖三等奖（2017），上海市自然科学奖二等奖（2008）等奖项；获专利授权7项。
部分已发表论文：
1. Qiu T#, Zhang L#, Chen Z#, Wang Y, Mao T, Wang C, Cun Y, Zheng G, Yan D, Zhou M, Tang K*, Cao Z*. SEPPA-mAb: spatial epitope prediction of protein antigens for mAbs. Nucleic Acids Res. 2023 May 22:gkad427.
2. Deyu Yan#, Genhui Zheng#,Caicui Wang, Zikun Chen, Tiantian Mao, Jian Gao, Yu Yan, Xiangyi Chen, Xuejie Ji, Jinyu Yu, Saifeng Mo, Haonan Wen, Wenhao Han, Mengdi Zhou, Yuan Wang, Jun Wang, Kailin Tang*,Zhiwei Cao*, HIT 2.0: an enhanced platform for Herbal Ingredients' Targets, Nucl. Acids Res.2022 Jan 7;50(D1):D1238-D1243.
3. Tang, KaiLin, Ji, XueJie; Zhou, MengDi; Deng, ZeLiang; Huang, YuWei; Zheng, GenHui; Cao, Zhiwei* Rank-in: Enabling integrative analysis across microarray and RNA-seq for cancer Nucleic Acids Res. 2021 2021 Sep 27;49(17):e99.
4. Yiyan Yang#, Chuanlun Zhang#*, Timothy M. Lenton,, Xinmiao Yan, Maoyan Zhu ,Mengdi Zhou,Jianchang Tao,Tommy J. Phelps, Zhiwei Cao* The evolution pathway of ammonia-oxidizing archaea shaped by major geological events.Molecular Biology & Evolution, 2021 May 16;doi: 10.1093/molbev/msab129.
5. Zhou Chen#; Chen Zikun#; Zhang Lu; Yan DeYu; Mao Tian; Tang Kailin; Qiu Tianyi*;Cao Zhiwei*, SEPPA 3.0-enhanced spatial epitope prediction enabling glycoprotein antigens.Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W388-W394.
6. Qiu Tianyi# ; Yang Yiyan# ; Qiu Jingxuan ; Huang Yang; Xu Tianlei; Xiao Han; Wu Dingfeng; Zhang Qingchen; Zhou Chen; Zhang Xiaoyan; Tang Kailin;Xu Jianqing*;Cao Zhiwei*, CE-BLAST: Making it possible to compute antigenic similarity for newly emerging pathogens,Nature Communications，2018 May 2;9(1):1772.
7. Sun Y, Sheng Z, Ma C, Tang K, Zhu R, Wu Z, Shen R, Feng J, Wu D, Huang D, Huang D, Fei J*, Liu Q*, Cao ZW*，Combining genomic and network characteristics for extended capability in predicting synergistic drugs for cancer, Nature Communications, 2015, Sep 28;6:8481.
8. Hao Ye, Li Ye,Hong Kang,Duanfeng Zhang,Lin Tao,Kailin Tang, Xueping Liu,Ruixin Zhu,Qi Liu, Y. Z. Chen, Yixue Li* andZhiwei Cao*, HIT: linking herbal active ingredients to targets,Nucl. Acids Res. 2011 Jan;39:D1055-9.
9. Qi Tao#, Qiu T#, Zhang Q, Tang K, Fan Y, Qiu J, Wu D, Zhang W, Chen Y, Gao J, Zhu R*, Cao ZW*. SEPPA 2.0--more refined server to predict spatial epitope considering species of immune host and subcellular localization of protein antigen. Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42:W59-63.
10. Sun J, Wu D, Xu T, Wang X, Xu X, Tao L, Li YX*,Cao ZW*. SEPPA: a computational server for spatial epitope prediction of protein antigens.Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37:W612-6. Epub 2009 May 22.
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学校介绍
同济大学是国家教育部直属重点大学，也是首批被批准成立研究生院、并被列为国家“ 211 工程”和“面向 21 世纪教育振兴行动计划”(985 工程)与上海市重点建设的高水平研究型大学之一。同济大学创建于 1907 年，现已成为拥有理、工、医、文、法、经(济)、管(理)、哲、教(育)9 大门类的研究型、综合性、多功能的现代大学。
同济大学现设有各类专业学院 22 个，还建有继续教育学院、 职业技术教育学院等，设有经中德政府批准合作培养硕士研究生的中德学院、中德工程学院，与法国巴黎高科大学集团合作举办的中法工程和管理学院等。目前学校共有 81 个本科专业、 140 个硕士点、 7 个硕士专业学位授权点、博士授权点 58 个、 13 个博士后流动站，学校拥有国家级重点学校 10 个。各类学生 5 万多人，教学科研人员 4200 多人，其中有中科院院士 6 人、工程院院士 7 人，具有各类高级职称者 1900 多人，拥有长江学者特聘教授岗位 22 个。作为国家重要的科研中心之一，学校设有国家、省部级重点实验室和工程研究中心等国家科研基地 16 个。学校还设有附属医院和 2 所附属学校。
近年来同济大学正在探索并逐步形成有自己特色的现代教育思想和办学理念。以本科教育为立校之本，以研究生教育为强校之路。确立“知识、能力、人格”三位一体的全面素质教育和复合型人才培养模式。坚持“人才培养、科学研究、社会服务、国际交往”四大办学功能协调发展，努力强化服务社会的功能，实现大学功能中心化。以国家科技发展战略和地区经济重点需求为指针，促进传统学科高新化、新兴学科强势化、学科交叉集约化。与产业链紧密结合，形成优势学科和相对弱势学科互融共进的学科链和学科群，构建综合性大学的学科体系，其中桥梁工程、海洋地质、城市规划、结构工程、道路交通、车辆工程、环境工程等学科在全国居领先地位。在为国家经济建设和社会发展做贡献的过程中，争取更多的“单项冠军”，提升学校的学术地位和社会声誉。学校正努力建设文理交融、医工结合、科技教育与人文教育协调发展的综合性、研究型、国际知名高水平大学。
同济大学已建成的校园占地面积 3700 多亩，分五个校区，四平路校区位于上海市四平路，沪西校区位于上海市真南路，沪北校区位于上海市共和新路，沪东校区位于上海市武东路。正在建设中的嘉定校区位于安亭上海国际汽车城内。
同济大学研究生院简介
同济大学一贯重视研究生教育，早在 20 世纪 50 年代初即在部分专业招收培养研究生。 1978 年学校恢复招收硕士研究生， 1981 年起招收博士研究生，同年被国务院学位委员会批准为首批有权授予博士、硕士学位的单位。 1986 年经国务院批准试办研究生院， 1996 年经评估正式成立研究生院，成为我国培养高层次专门人才的重要基地之一。同济大学现有一级学科博士学位授权点 12 个，二级学科博士学位授权点 68 个(含自主设置 10 个二级学科博士点)，硕士学位授权点 147 个(含自主设置 7 个二级学科硕士点)，分属哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学等 9 个学科门类。其中土木工程、建筑学、交通运输工程、海洋科学、环境科学与工程、力学、材料科学与工程等学科处在全国优势和领先地位，机电、管理、理学等学科近年有了长足进展。我校还设有 13 个博士后科研流动站。近些年来，为了适应我国经济建设和社会发展的需要，学校还十分注重培养不同类型、多个层次、多种规格的高层次专门人才。学校既设科学学位，又设工商管理、行政管理、建筑学、临床医学、工程硕士(含 21 个工程领域)、口腔医学等多种专业学位；既培养学术型、研究型研究生，又培养应用型、复合型专业学位研究生；既有在校全日制攻读学位模式，又有在职人员攻读专业硕士学位或以同等学力申请硕士学位、中职教师在职攻读硕士学位、高校教师在职攻读硕士学位模式。此外，还面向社会举办多种专业研究生课程进修班等，充分发挥了我校学科优势和特色，由此形成了多渠道、多规格、多层次的办学模式，取得了良好的社会效益。
同济大学研究生院是校长领导下具有相对独立职能的研究生教学和行政管理机构，下设招生办公室、管理处、培养处、学位办公室、学科建设办公室和行政办公室。同时，学校党委还专门设立了研究生工作部。学校设有校学位评定委员会，各学院有学位评定分委员会，并设立了各学科、专业委员会，配有学位管理工作秘书、教务员、班主任、研究生教学秘书等教辅人员。研究生院曾多次被评为全国和上海市学位与研究生教育管理工作先进集体。
二十多年来，同济大学始终把全面提高培养质量作为研究生教育改革的指导思想，在严格质量管理方面采取了一系列切实有效的措施，取得了较好效果。在连续多年全国百篇优秀博士学位论文评选中，有 7 篇入选。同济大学为国家培养了一大批高素质的高级专门人才，至今已授予博士学位 1311 人，硕士学位近 9504 人，其中有相当一部分已成为我国社会主义现代化建设的重要骨干力量。至 2004 年 9 月，在校博士、硕士研究生约达 11000 多人，专业学位硕士生约 2700 人。根据本校研究生教育发展规划， 2006 年计划招收博士生、硕士生(含专业学位研究生)超过 4000 名。同济大学正在为我国经济建设和社会发展输送高层次人才做出更大的贡献。
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同济大学硕士研究生学费及奖助政策
收费和奖励
1) 按照国务院常务会议精神，从 2014 年秋季学期起，向所有纳入国家招生计划的新入学研究生收取学费。其中：工程管理硕士(125600)、MBA[微博](125100)、MPA(125200)、法律硕士(非法学)(035101)、软件工程领域工程硕士(085212)、金融硕士(025100)、会计硕士(125300)、翻译硕士(055101、055109)、护理硕士(105400)、教育硕士(045100)、汉语国际教育硕士(045300)、人文学院(210)的艺术硕士(135108)专业学位研究生的学费标准另行公布，其它硕士研究生学费不超过 8000 元/学年。
2) 对非定向就业学术型研究生和非定向就业专业学位硕士研究生，同济大学有完善的奖励体系(工程管理硕士(125600)、MBA(125100)、MPA(125200)、法律硕士(非法学)(035101)、软件工程硕士(085212)、金融硕士(025100)、会计硕士(125300)、翻译硕士(055101、055109)、护理硕士(105400)、教育硕士(045100)、汉语国际教育硕士(045300)、人文学院(210)的艺术硕士(135108)的奖励由培养单位另行制订)。对亍纳入奖励体系的非定向就业学术型硕士生和非定向就业专业学位硕士生在入学时全部都可以获得 8000 元/学年的全额学业奖学金，该奖学金用以抵充学费。对纳入奖励体系的硕士研究生还可获得不少亍 600 元/月的励学金，每年发放10 个月。另外，纳入奖励体系的非定向就业研究生都可以申请励教和励管的岗位，获得额外的资励。所有非定向就业硕士研究生在学期间纳入上海市城镇居民基本医疗保险，可申请办理国家励学贷款，可参加有关专项奖学金评定。
3)工商管理硕士在职班、金融硕士在职班、公共管理硕士、工程管理硕士、会计硕士、护理硕士、教育硕士、汉语国际教育硕士、人文学院的艺术硕士采取在职学习方式，考生录取后，人事关系不人事档案不转入学校，在读期间不参加上海市大学生医疗保障，学校不安排住宿，毕业时不纳入就业计划。
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